Le déchaînement des rebellions et des guerres privées est combattu dans tout le royaume par un mouvement de réforme ecclésiastique qui prône la Trêve de Dieu. Guillaume prend le contrôle de cette initiative pour la Normandie et l’impose dans un concile de paix tenu à Caen au lendemain de sa victoire du Val-ès-Dunes (1047).

Pour asseoir son autorité il faut aussi au jeune duc assurer sa descendance. Guillaume projette un mariage qui lui permettra de conclure une alliance avec un ancien ennemi du duché, le comte de Flandre. Mais Mathilde, fille du comte Baudouin, descend à la cinquième génération d’une fille de Rollon. Pour l'Église le mariage est consanguin.

Au concile de Reims, réuni en 1049, le Pape Léon IX a quelques raisons d'être hostile à Guillaume qui, au mépris de ses prérogatives a donné à son demi-frère, Odon, l'évêché de Bayeux. De plus Léon IX est l'ennemi déclaré des Normands qui le harcèlent dans ses états d'Italie. Il s’oppose au mariage de Guillaume qui aura cependant lieu à Eu vers 1050.

Cette politique familiale inquiète les Richardides. Certains entrent en dissidence ouverte. Mais Guillaume réagit avec fermeté. Guillaume Werlanc, comte de Mortain, est arrêté et exilé. Guillaume Busac comte d’Eu et Guillaume d’Arques assiégés et vaincus dans leurs châteaux, sont également contraints à l’exil (1050-1054). Tous étaient descendants, légitimes ou illégitimes, de Richard I et de Richard II, en mesure de contester à Guillaume son héritage. De même Mauger, archevêque de Rouen, est déposé pour indignité au profit de Maurille, prélat réformateur (1055).

Cette dernière action était aussi un gage d’adhésion aux principes défendus par le pape pour adoucir sa position sur le mariage de Guillaume. Nicolas II (1058-1061) lève l’interdit vers 1059 à une date qui correspond aussi à un retournement d’alliance des Normands d’Italie en sa faveur.

Agé de 18 ou 19 ans, Guillaume vient juste d’échapper à la mort. Il va d’abord chercher l’appui de son seigneur le roi de France, Henri 1^er, lequel n’avait pas manqué de profiter de la minorité pour reprendre le contrôle de leur frontière commune en Vexin.

Guillaume compte ses fidèles dans les régions où le pouvoir ducal est bien affermi : Rouen, Evreux, Lisieux, Falaise et Exmes. Le chef des rebelles est Gui de Brionne, fils du comte de Bourgogne et d’Alice, fille de Richard II. Gui a été élevé à la cour de Normandie dans la familiarité de Guillaume. Mais il utilise pour son ambition personnelle la traditionnelle indocilité des seigneurs de Normandie occidentale. Le complot uni notamment Néel de Saint-Sauveur, vicomte de Cotentin, Renouf de Briquessart, vicomte de Bayeux, Hamon le Dentu, châtelain de Creully, Raoul Taisson seigneur du Cinglais et Grimoult du Plessis. Tous auraient juré à Bayeux, sur des reliques, la mort du duc.

Après une période de troubles surtout marquée par des sièges et des razzias caractéristiques de la guerre de l’époque, le duc conduit son armée pour affronter ses ennemis dans une bataille rangée. Il est appuyé par les troupes du roi de France.

La rencontre a lieu au Val-ès-Dunes prés de Caen en 1047.

Aidés par la défection d’un des conjurés, Raoul Taisson, Guillaume et Henri Ier mettent en fuite l’armée ennemie. Les rebelles les plus proches de la cour ducal sont rapidement pardonnés en échange de leur soumission. Néel de Cotentin et Renouf de Briquessart retrouvent leurs charges de vicomtes. Gui de Brionne choisi l’exil. Grimoult du Plessis, étranger à la haute aristocratie, est un des seuls à être emprisonné et sans doute exécuté

Cette troisième minorité d’un duc de Normandie fut la plus périlleuse pour le duché. Avant son départ le duc Robert a exigé le serment de fidélité pour son fils Guillaume, né de sa frilla Herlève (Arlette), mais les grands seigneurs du duché issus de la famille ducale, se disputent la régence. Successivement des proches du jeune duc sont assassinés : d'abord Gilbert de Brionne, son tuteur, puis Turold, son précepteur et enfin le sénéchal Osbern de Crépon égorgé sous ses yeux.

La Normandie en proie à l’anarchie est victime des attaques du roi de France et du duc de Bretagne. Les régions traditionnellement rebelles se soulèvent. Guillaume doit venir assiéger son château de Falaise pris par le vicomte d’Hiémois (1042).

Les troubles déclenchent un cycle de guerres privées que la justice du duc mineur ne peut arrêter. Les plus dangereuses sont celles qui concernent la famille de Bellême, dont les domaines touchent au Maine où Normands et Angevins sont en compétition.

Les barons en lutte les uns contre les autres ou contre l’autorité du duc s’appuient sur un réseau de petits châteaux de bois et de terre, les mottes castrales, en violation du droit de forteresse réservé au duc. Forts des profits de leurs guerres privées ils n’envisagent pas de retourner sous l’autorité du jeune Guillaume.

Ainsi, un groupe de petits seigneurs de l’ouest de la Normandie, appuyés par de plus hauts barons, complotent contre le duc. Une tentative de meurtre est organisée dans une réunion de chasse à Valognes. Alerté, Guillaume prend la fuite, seul, à cheval, de Valognes, à travers la baie des Veys, par Ryes en Bessin et jusqu’au refuge de son château de Falaise.